
Podsystém Likvidace faktur předpokládá, že zaúčtování přebíraných daňových základů faktur je provedeno v podsystému Finanční účetnictví a zaúčtování příjemek v podsystému Skladování. Do Finančního účetnictví a Nákladového controllingu se posílají nákladové věty pořízené při rozúčtování faktury, zlikvidované faktury se přeúčtovávají ze svých daňových základů na spojovací účet + útvar a příjemky, ke kterým nedošla faktura nebo z jiného důvodu nebyly přiřazeny k žádné faktuře, se přeúčtují ze spojovacího účtu na účet nevyfakturovaných dodávek. Je-li v dalším zúčtovacím období příjemka již přiřazena k faktuře, je automaticky přeúčtována zpět na spojovací účet + útvar. Pokud nejsou faktury v daném účetním období zcela zlikvidovány, čekají do dalšího účetního období na účtech jednotlivých daňových základů. Po zaúčtování se zlikvidované faktury a k nim náležející náklady, příjemky a věty převodníku přesouvají do archivních souborů. Archivní soubory lze prohlížet a tisknout.
Skupina úloh řeší rozúčtování materiálových faktur a jejich spárování s příjemkami. Rozúčtování jednotlivých faktur se provádí ze spojovacího účtu a útvaru na straně DAL, nebo MD (podle strany na faktuře). Spojovací účet + útvar se do faktur doplní při převzetí faktur z podsystému Finanční účetnictví. Tento spojovací účet + útvar musí obsahovat na straně DAL i příjemky přebírané z podsystému Skladování. Pokud nejsou příjemky přiřazené k fakturám již z podsystému Skladování, musí se přiřadit přes tzv. převodník, který obsahuje vazbu - závod faktury + dupl. faktury + DŘ faktury + interní číslo faktury. K jedné faktuře lze přiřadit více příjemek a obdobně jednotlivé řádky příjemky je možné přiřadit k různým fakturám. Při párování dochází k porovnání celkové hodnoty daňových základů na faktuře s hodnotou za materiál přiřazených příjemek. Je-li rozdíl hodnot nulový, faktura se označí jako zlikvidovaná. V případné rozdílu mezi hodnotou faktury a hodnotou příjmu se vytvoří tzv. haléřové vyrovnání (náklady) a to buď automaticky při párování, nebo při ručním rozúčtování faktury. Je možné nastavit zaúčtování částečně zklividovaných faktur. Modul umožňuje rozúčtování také režijních faktur.
Skupina úloh řeší rozúčtování režijních faktur. Princip zpracování je obdobný jako u skupiny úloh Likvidace faktur. Nepracuje se zde však s příjemkami a převodníkem, faktura se pouze ručně rozúčtovává na příslušná střediska.